重庆ISO9001质量管理体系认证办理流程如下：

1.按GB/T19001-2016建立文件化的管理体系，并实施试运行三个月以上。

2.组织公司员工参加内审员培训并实施内审，需覆盖标准全部条款与申请认证范围覆盖的所有部门。

3.进行企业内部管理评审。

4.选择认证机构，提交申请材料，确认认证范围，签订认证合同。

5.准备迎接外审，初审分两个阶段进行

一阶段：主要是文件审核，对受审核方运作方式及体系建立实施情况作初步了解，提出文件修改意见及其他建议，确定第二阶段实施的可行性及审核重点；

二阶段：全面评价受审核方对标准要求的符合情况，方针、目标和程序是否有效实施，体系是否得到有效运行和保持，确定是否能够推荐通过认证。

6.不符合项的整改，封闭后资料上报。

7.获得批准后发放重庆ISO9001质量管理体系认证证书。